Dieval Guizelini

Frequentemente ocorre a necessidade de trabalhar com arquivos XML em Java, e sempre vem a dúvida de qual API utilizar... e sempre me ocorre o artigo do Osvaldo Pinali Doederlein, na edição 22 da JavaMagazine. O artigo é bastante interessante, mas a idéia aqui é simplesmente, lembrar qual API usar... então vou transcrever um quadro comparativo: Parser Tempo 1 Tempo 2 Tempo 3 Tempo 4 Tempo 5 Score StAX 2,294 1,579 1,596 1,528 1,573 1,00 SAX 5,008 3,063 2,645 2,611 2,495 1,59 JAXB 5,559 3,792 3,440 3,348 3,405 2,16 DOM 16,485 6,400 5,404 5,852 5,250 3,34 Digest 70,099 26,327 25,820 25,426 26,391 16,78 Beans 96,217 70,535 64,876 71,115 64,478 41,00 C# 1,906 1,906 1,906 1,890 1,906 1,21 O StAX é a melhor solução e a documentação pode ser vista aqui: http://download.oracle.com/javaee/5/tutorial/doc/bnbem.html

Este procedimento foi testado no Ubuntu 11.04, em um equipamento com 4 núcleos e 16Gb de memória RAM. mkdir -p /tmp/blast mount -t tmpfs tmpfs /tmp/blast/ -o size=9G,nr_inodes=1024k,mode=01777 cp /opt/nr/idnr.fas.* /tmp/blast/ blastall -p blastp -i /opt/nr/teste.fas -a 4 -d idnr.fas -m 0 O tempo final caiu de 3 minutos para 1 minuto no banco do NR

Os passos básicos são: descomentar o repositório canonical em /etc/apt/source.list deb http://archive.canonical.com/ubuntu natty partner deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu natty partner Atualizar: apt-get update pode-se busca com apt-cache search sun-java6 ou apt-get install sun-java6-jdk sun-java6-bin sun-java6-source sun-java6-fonts sun-java6-jre Para alternar entre as versões instaladas (Open/SUN): update-alternatives --config java

Quem já se deparou com esse problema deve saber a dificuldade em encontrar um programa que faça essa conversão. Bom, depois de testar um monte de coisas, andei estudando os fontes do "Color Space Mapping tool" da AB (http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/support/software-community/free-ab-software.html) e descobri uma regra de conversão simples: A0=>'A' A1=>'C' A2=>'G' A3=>'T' C0=>'C' C1=>'A' C2=>'T' C3=>'G' G0=>'G' G1=>'T' G2=>'A' G3=>'C' T0=>'T' T1=>'G' T2=>'C' T3=>'A' Com essa informação, fiz o programa abaixo (GNU C): #include #include #include #define MAX_LINE 500 int main(int argc, char *argv[]) { FILE *fin,*fout; char buffer[MAX_LINE+1],seq[MAX_LINE]; char p0,p1,base,valid; int i; if( argc \n"); exit(0); } if( (fin = fopen(argv[1],"r")) == N...

Demorou, mas agora pude fazer o upgrade (não dava para fazer antes de concluir o mestrado). Primeiros passos: a) copiar tudo que importa para o HD externo e para algumas coisas para a partição do Windows 7. b) baixar e gravar mídia de instalação c) testar no modo live-cd (uma das boas coisas do Ubuntu) - Beleza, placa de vídeo, som, webcam, rede tudo certo. d) instalado e atualizado Primeiras impressões: o boot está mais rápido, o visual do desktop mais limpo (aparentemente, existe um aproveitamento melhor da área real disponível). Instalando os pacotes de trabalho: sudo -s apt-get install build-essential apt-get install openssh-server apt-get install mysql-server-5.1 mysql-common mysql-client-5.1 mysql-client-core-5.1 mysql-client-5.1 mysql-server-core-5.1 apt-get install apache2-mpm-prefork apache2-utils apache2.2-bin apache2.2-common libapache2-mod-php5 php5-cli php5-common apt-get install postgresql-8.4 postgresql-client-8.4 postgresql-contribu-8.4 php5-pgsq...

O pacote glossaries (do mesmo criador do pacote glossary) oferece um bom recurso para quem precisa escrever texto e utilizar glossários e listas de siglas/símbolos. E frequentemente temos que trabalhar com siglas e glossários para a mesma coisa, por exemplo: Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT) é o órgão responsável pela normalização técnica no país, fornecendo a base necessária ao desenvolvimento tecnológico brasileiro. Nesse caso, na primeira ocorrência utilizamos /gls{ABNT} e o glossaries irá apresentar dessa forma na primeira ocorrência "Associação Brasileira de Normas Técnicas (ABNT)", nas vezes posteriores, apenas ABNT. E no glossário: ABNT Associação Brasileira de Normas Técnicas é o órgão responsável pela normalização técnica no país, fornecendo a base necessária ao desenvolvimento tecnológico brasileiro. É mole o quer mais? http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/glossaries/ No Windows, utilizando o Lyx, precisei fazer: - Ger...

Os recursos do glossário são interessantes, porém os passos para funcionar adequadamente... ainda deixam a desejar. Primeiramente baixe os pacotes no ctan: http://tug.ctan.org/search.html busque por glossaries, baixe o pacote glossaries.tds.zip, descompacte e mova os arquivos para /usr/share/texmf sudo mktexlsr Baixe as dependências: xfor.sty (http://tug.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/xfor/) mova os arquivos para usr/share/texmf/tex/latex/. sudo mktexlsr