Como fazer um ramdisk para uso do NCBI Blast (HOWTO)

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Este procedimento foi testado no Ubuntu 11.04, em um equipamento com 4 núcleos e 16Gb de memória RAM.

mkdir -p /tmp/blast
mount -t tmpfs tmpfs /tmp/blast/ -o size=9G,nr_inodes=1024k,mode=01777
cp /opt/nr/idnr.fas.* /tmp/blast/
blastall -p blastp -i /opt/nr/teste.fas -a 4 -d idnr.fas -m 0

O tempo final caiu de 3 minutos para 1 minuto no banco do NR

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