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Mostrando postagens de julho, 2011

Java e XML

Frequentemente ocorre a necessidade de trabalhar com arquivos XML em Java, e sempre vem a dúvida de qual API utilizar... e sempre me ocorre o artigo do Osvaldo Pinali Doederlein, na edição 22 da JavaMagazine. O artigo é bastante interessante, mas a idéia aqui é simplesmente, lembrar qual API usar... então vou transcrever um quadro comparativo: Parser Tempo 1 Tempo 2 Tempo 3 Tempo 4 Tempo 5 Score StAX 2,294 1,579 1,596 1,528 1,573 1,00 SAX 5,008 3,063 2,645 2,611 2,495 1,59 JAXB 5,559 3,792 3,440 3,348 3,405 2,16 DOM 16,485 6,400 5,404 5,852 5,250 3,34 Digest 70,099 26,327 25,820 25,426 26,391 16,78 Beans 96,217 70,535 64,876 71,115 64,478 41,00 C# 1,906 1,906 1,906 1,890 1,906 1,21 O StAX é a melhor solução e a documentação pode ser vista aqui: http://download.oracle.com/javaee/5/tutorial/doc/bnbem.html

Como fazer um ramdisk para uso do NCBI Blast (HOWTO)

Este procedimento foi testado no Ubuntu 11.04, em um equipamento com 4 núcleos e 16Gb de memória RAM. mkdir -p /tmp/blast mount -t tmpfs tmpfs /tmp/blast/ -o size=9G,nr_inodes=1024k,mode=01777 cp /opt/nr/idnr.fas.* /tmp/blast/ blastall -p blastp -i /opt/nr/teste.fas -a 4 -d idnr.fas -m 0 O tempo final caiu de 3 minutos para 1 minuto no banco do NR