Dieval Guizelini

Antes de rodar o RGS, carreguei um arquivo de contigs: contigs=fastaread('contigs_frag_k19_opt.fa'); Carregando e rodando o RGS: load dbstruct anotado = sila(dbstruct,contigs,'HGF',true); an2 = annotmat2fascov(anotado);

Eu precisei criar um histograma dos k-mers para diferentes tamanhos. O jellyfish surpreende em performance e facilidade de uso. Mas mesmo assim, precisamos de vários passos. Segue um script para facilitar o uso dele. O script precisa de dois parâmetros: o nome do arquivo fasta/fastq e o prefixo do arquivo de resultados. Ex: run.sh reads.fasta jf_kmer_ #!/bin/bash for kmerSize in {13..29..2} do    echo "kmer size $kmerSize - creating kmer-map..."    jellyfish count -m $kmerSize -o output -c 16 -s 500000000 -t 60 $1    arq_out=`ls -1 output* | wc -l`    banco=out_$kmerSize    if [ $arq_out -gt 1 ]; then       echo "merging"       jellyfish merge -o $banco output\*       rm -rf output*       sleep 5    else       echo "renaming..."       auxFileName=`ls -1 output*`       mv $auxFileName $banco    fi   ...

O WEKA é a melhor ferramenta livre (open source) para mineração de dados disponível na atualidade. As concorrentes que conheço são: Orange , RapidMiner , JHepWork , Konstanz Information Miner (KNIME) e o R Analytical Tool To Learn Easily (RATTLE). No geral, as principais técnicas de classificação, associação e agrupamento estão disponíveis nessas ferramentas, mas considero o WEKA sendo a ferramenta mais fácil de integrar em outras aplicações. Tanto que existem extensões para usar o WEKA em alguns dos programas acima. Apenas para deixar essa pequena lista mais completa, durante alguns anos eu usei o Tanagra na disciplina de Tópicos de Banco de Dados (TADS/UFPR), muito bom. Mas no final, o fato do WEKA ter uma ótima documentação, dos fontes da aplicação estarem disponíveis para os interessados, sempre se mostrou, nos meus estudos, o mais interessante. O "Free Associative Neurons" (FAN) é um modelo neuro-fuzzy de rede neural, inventada pelo Roberto Raittz, que associa o...

Veja o código que encontrei em uma aplicação open source famosa:     static double[] getValues(double[] source, int index) {         double[] result = new double[obj.size() - 1];         int index = obj.getIndex();         if (index == 0) {            for(int i=1 ; i                result[i-1] = values[i];            }         } else {             if (index == result.length) {                for(int i=0 ; i                   result[i] = values[i];                }             } else {                for(int i=0 ; i             ...

No link abaixo encontrei os arquivos XSL para formatação: http://bibword.codeplex.com/releases/view/27212 E nesse link a descrição do processo de instalação: http://www.techtudo.com.br/dicas-e-tutoriais/noticia/2011/06/como-adicionar-normas-da-abnt-no-word-2007.html

Pessoal, não é nada grave, com uma ou duas tentativas a mais, a consulta ocorre sem maiores problemas. Mas não deixa de ser um bom exemplo, em especial para meus alunos de Banco de Dados (TADS/UFPR).  A aplicação de consulta deve estar limitada a 1000 usuários com acesso simultâneo ao banco de dados. E os servidores de aplicação devem estar utilizando cache local. Essa suposição se deve ao fato que a mensagem abaixo ocorreu duas vezes, a primeira com meu CPF, na segunda tentativa a consulta foi realizada. Repeti com o mesmo CPF para tentar pegar a mensagem... o erro não ocorreu, mudei de browser para evitar o efeito das sessões, o resultado foi bem sucedido. Apelei, realizei a busca com o CPF da minha esposa e ... bum, para minha sorte ocorreu de novo, afinal eu queria esse fato como exemplo para as aulas de tunning (risos). Mesmo assim, a suposição de cache pode estar errada, os sucessos e falhas  podem ter sido ocasionados pelo fator sorte (risos^2). Uma ...

Na última semana, o socialista Alberto Carlos Almeida, publicou sua opinião na Revista Época, sob o título “A greve remunerada dos professores universitários”. Neste artigo o autor critica o atual modelo de greve, definido em leis, dos profissionais da Educação Superior no Brasil. O sociólogo abre o artigo com a frase: Você, leitor, provavelmente nunca teve o privilégio de parar de trabalhar e, mesmo assim, continuar recebendo o salário integral na data correta. É o que acontece agora com os professores das universidades federais. Desde 17 de maio, eles estão em greve. Pararam de dar aulas e continuam recebendo seus salários. Igualmente grave é sermos nós, contribuintes, que pagamos o salário de quem não trabalha. É um absurdo em cima de outro absurdo. O termo privilégio, segundo nossos dicionários, refere-se a alguma vantagem concedida a um ou mais pessoas, em detrimento de outros e contra a regra geral. O termo qualifica a sentença “parar de trabalhar e, mesmo assim, continuar...